출연연 등에 따르면 기관장 선출 방식은 현재 공모제와 추천제를 선택할 수 있으나 대부분 공모제가 활용되고 있다.
하지만 공모제 역시 직접 응모해야 한다는 점과 낙선할 경우 이미지 타격 등의 문제점을 안고 있다. 추천제는 특히 인물에 대한 검증 및 낙하산 인사 등에 비판이 적지 않다.이 때문에 대덕단지 등 과기계 출연연 기관장 선출과 관련해 공모제에 일반인도 추천할 수 있는 방식의 필요성이 지속적으로 제기돼 왔다.
참여정부 출범시 대통령직 인수위원회가 국민참여센터를 통해 인터넷으로 장관 추천을 받았던 공개 추천 방식이 이에 가깝다.
이와 관련 산업기술연구회 등 일부 기관에서 산하 기관장 선출 방식을 공모 및 추천제가 병행된 개방형 추천제로 전환할 것으로 알려져 관심은 더욱 증폭되는 상태다.
ETRI 등 산하 9개 출연연을 둔 산업기술연구회가 이 같은 방안을 택할 경우 오는 7, 8월에 임기가 만료되는 한국기계연구원과 한국생산기술연구원장부터 적용될 전망이다. 또 이를 통해 기대한 성과를 거둘 경우 기초기술연구회 및 공공기술연구회 등 과기계 전체 기관장 선출 방식에 영향을 줄 것으로 보인다.
연구회의 기관장 선출 방식 변경에 대해 출연연은 ▲전문성 있는 인사 선출 ▲직원 등 다양한 의견 반영 ▲선출과정의 투명성 등의 의견을 보이고 있다출연연 관계자는 "공모제가 비교적 합리적이긴 하지만 사회적으로 명망 있는 인물이 프라이버시나 낙선시 이미지 타격 등을 이유로 공모를 거절한다는 단점을 안고 있다"며 "이 때문에 2∼3년 전부터 출연연 내부에서도 공모제와 추천제의 병행된 방식을 지속적으로 제기해 왔다"고 말했다.