남이초는 저학년(1·2학년)을 위한 꽃망울방을 운영하고 전교생을 대상으로 특기적성교육 프로그램을 적용해 학년에 맞는 프로그램을 진행시키고 있다.
저학년이 대상인 꽃망울방은 영어교육과 종이접기, 독서, 공놀이, 컴퓨터 등을 본교 교사가 각각 맡아 운영한다.
또 금산군청이 지원하는 영화상영과 금산군 자원봉사 단체가 진행하는 '책 읽어주는 엄마' 프로그램도 많은 도움이 되고 있다.
전교생이 참여하는 특기적성교육 프로그램은 리드합주, 사물놀이, 리더십 교육 등 여러 프로그램을 마련해 적성에 맞는 프로그램을 선택해 들을 수 있다.