정부는 지난해 충청권 신행정수도 건설 일정 등을 소개하면서 지방 이전 대상 공공기관을 대략 245개 기관으로 선정했고, 이들 기관들이 지방으로 이전할 경우엔 외지 기업 유치 때처럼 부지 제공 및 재정 지원, 세제 혜택 등 각종 인센티브 등을 내걸었다. 이런 방침에 따라 지방정부는 핵심 유치 대상 기관을 선정하는 등 적극적인 유치에 나서고 있으나 대상 기관 직원들의 반대와 정부의 지원대책 미비 등으로 어려움을 겪고 있다. 공공기관 지방 이전 방식이 지방정부가 각종 인센티브를 제시하고 해당 공공기관이 이를 수용하는 경매방식으로 진행되다 보니 이미 이에 따른 부작용을 양산해 내고 있는 셈이다.
공공기관 이전은 최우선적으로 지역적 특성이 고려돼야 한다. 그리고 공공기관의 속성과 이를 유치하고자 하는 지방의 경쟁력 등이 국토 균형발전 차원에서 배려돼야 한다. 공공기관 지방 유치는 기업 유치와는 그 성격이나 속성이 다르다. 그래서 경매방식과 지방정부의 자의적인 기준과 판단에 의해 대상 기관을 선정하고 이의 유치전(戰)을 펼 수 있는 성질의 것이 아니다. 자칫 잘못하면 지방정부 간, 지역주민 간의 갈등만을 야기할 뿐이다. 따라서 중앙정부 차원에서 전 국토의 균형적 발전이란 커다란 틀 내에서 지역의 특성을 살려가면서 이전 기관을 결정해야 한다. 관련 법규도 시급하게 정비해야 할 과제다. 정치적 논리만을 가지고 공공기관 이전이 확정되면 또 다른 정치적 이유를 낳게 한다는 점을 명심해야 한다.