1987년 9월 25일, 한국은 소말리아와 국교를 수립하고 상주 공관을 개설했으나 1992년 공관을 폐쇄했다.

내전으로 인해 대규모 난민이 발생해 국제연합에서 평화유지군(PKO)을 파견키도 했으나 현재까지도 통일정부가 없는 상태다. 유일하게 합법적 정권으로 인정받는 과도정부와 반군 세력 간의 내전으로 아프리카에서 가장 빈곤한 나라로 전락해 기아에 시달리고 있다.

지난 2004년 12월, 우리 정부는 소말리아 인도양 연안지역에서 발생한 쓰나미 피해의 복구를 위해 6만 달러 상당의 구호물자와 현금 10만 달러를 지원했다.

또 지난 2006년 초엔 소말리아 남부지역 기근 피해와 관련해 UN-OCHA(유엔 인도문제조정사무소)를 통해 지원하기도 했다.

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